Interações por docagem molecular de complexos macroestruturais de agentes infecciosos com a enzima conversora de angiotensina transmembrana 2 (ACE2)

Resumo

Quando duas proteínas se ligam, ocorrem pequenas mudanças conformacionais, especialmente nas áreas de ligação de proteínas quinase. A interface de ligação é onde ocorrem a maioria dessas mudanças. Durante os testes, diversas estratégias são empregadas para prever mudanças conformacionais nas cadeias laterais, considerando várias opções farmacológicas. A Enzima Conversora de Angiotensina transmembrana 2, alvo enzimático com implicações farmacológicas e indicador dos mecanismos de ação de vírus e bactérias, é de interesse na investigação de docagem molecular. Portanto, o objetivo deste trabalho foi utilizar as coordenadas tridimensionais de duas proteínas cristalizadas independentes, que são conhecidas por interagirem, e derivar um modelo para a estrutura vinculada. Esses algoritmos de acoplamento geralmente resultam em algumas estruturas quase nativas, mas também geram muitas estruturas falsas positivas com complementaridade superficial favorável. No software ClusPro, filtramos rapidamente os resultados de saída e realizamos análises quanto a seus valores de energia eletrostáticas, de balanço e de Van der Waals.